Intensiivne põllumajandustootmine on üles ehitatud sünteetiliste mineraalväetiste ja taimekaitsevahendite kasutamisele. Lämmastikväetiste tootmise tooraineks vajatakse suures mahus fossiilseid kütuseid (näiteks nafta või maagaas), fosforit ja kaaliumit kaevandatakse ning ka need on taastumatud loodusvarad.

Kõige tõsisemaks probleemiks peetakse fosfaaditipu lähenemist umbes 2035. aastal, pärast mida on fosforivarud juba nii otsakorral, et nende kättesaamine on kulukas ja olukord muutub kriitiliseks. Tänaseks on riigid, kus arvestataval kujul fosforivarusid on (nt USA ja Hiina) juba piiranud fosfori eksporti ning suurendanud importi, sest kavalam on tarbida teiste varusid seniks, kuni neid on.

Nii mineraalväetiste kui taimekaitsevahendite tootmise protsessid vajavad omakorda energiat. Näiteks Saksamaa andmete põhjal tuleneb teraviljakasvatusele kulutatavast energiast 29% kasutatavast diislikütusest ja lausa 37% kasutatavatest mineraalväetistest. Seega ei tähenda tuleviku fossiilsete kütuste kriis põllumajanduse puhul mitte ainult seda, mil moel põllumasinad töötavad, vaid on seotud kõikide tänasel päeval kasutusel olevate tavapäraste sisenditega. Ilmselgelt ei toimu tuleviku põllumajandus samal moel nagu ta toimib täna.

Taastuvate ressursside, looduslike võimaluste (nt liblikõielised, mis õhust lämmastikku mulda seovad) kasutamine, sobiv külvikord ning toitainete ringlusse suunamine (näiteks sõnnik, kompost) on üks peamisi mahepõllumajanduse aluspõhimõtteid. Oluline on ka sünteetiliste taimekaitsevahendite mittekasutamine.

Mahepõllumajandus on jätkusuutlik, sest on üles ehitatud võimalikult sõltumatuna välistest sisenditest. Loomulikult on ka mahetootmise juures erinevaid probleeme, mille lahendamine on suureks väljakutseks. Kuid päris kindel on see, et tuleviku toidutootmisel on, mida mahepõllumajandusest õppida.