Endla looduskaitsealale jääv Endla järv on olnud populaane sihtkoht nii matkajate kui kalastajate seas juba aastakümneid. Mõned aastad tagasi kaotatud püügipiirangud kalastuskaartide piirarvu näol on märkimisväärselt suurendanud järvel kalastajate hulka. Sellega koos on kasvanud ka kaitseala külastuskoormus ning seda vaatamata Endla järvel ja Sinijärvel 1. aprillist kuni 30. juunini kehtivale liikumiskeelule. Samuti on suurenenud reostus, prahistamine ja muud külastusega seotud kahjud järve ümbruses.

2013. aastal rõhutasid eksperdid Endla looduskaitseala kaitsekorralduskava koostamise raames muuhulgas ka vajadust lahendada paatide ebaseaduslikust ja kooskõlastamata hoiustamisest tingitud probleem Endla järve ümbruses. Paatide vettelaskmine, kaldale tõmbamine ning kaldal hoidmine selleks mittesobilikes kohtades kahjustab kaldaid ja taimestikku ning on vastuolus kaitseala kaitse-eeskirjaga.

Eelnimetatud põhjustel on kõikidel paadiomanikel kohustus oma veesõidukid hiljemalt 1. detsembriks 2013. aastal Endla looduskaitsealalt ära viia.

Paatide kasutamise ja hoiustamise tingimustest kaitsealal teavitatakse külastajaid enne uue külastushooaja algust, mil on taas lubatud Endla järve ja Sinijärve sihtkaitsevööndis viibimine. 1. aprillist kuni 30. juunini kehtib nimetatud sihtkaitsevööndis liikumiskeeld.