Keskkonnaamet laskis uurida kolme Võrumaa jõe, Vaidava, Peeli ja Peetri  vee-elupaikade ning kaitsealuste liikide seisundit  ning olulisi mõju- ja ohutegureid. Erinevate kaitsealade kaitsekorralduskavade alusel tellitud uuring näitas, et jõgede elupaikade kvaliteet on hea ning pole viimase aja jooksul halvenenud.

Olulised ohutegurid neil jõgedel puuduvad. Jõgedel asuvaid koprapaise ei ole palju ja need ei toimi kaladele oluliste rändetõketena.

Vaidava jõe puhul leidis esmakordselt kinnitust fakt, et lõhe selles jões tõesti sigib: katsepüükidel registreeriti lõhe 11 samasuvist ja 2 kahesuvist isendit.

Väliuuringute käigus tehti 12 kalastiku katsepüüki, ülevaade anti ka aastatel 1988-2004 tehtud katsepüükidest. Lisaks uuriti ka kahe EL loodusdirektiivi veeselgrootu,  rohe-vesihobu ja paksukojalise jõekarbi seisundit. Vaidava ja Peetri jões võib koos juhukülalistega arvestada kuni 30 kalaliigi esinemisega, sagedasemad mõlemas jões on on forell, harjus, teib, lepamaim, rünt, trulling ja võldas. Vaidava jões esineb ka jõesilmu, lõhet ja vähesel määral paksukojalist jõekarpi.

Peetri jõe juhukülaliste hulka kuulub näiteks angerjas.

Peeli jões esineb 16 kalaliiki, levinumad on ojasilm, forell, lepamaim, trulling, luukarits ja võldas.

Kaitsealusteks liikideks neis jõgedes on jõesilm, lõhe, harjus, tõugjas, hink, võldas ja paksukojaline jõekarp. Kõigil kolmel jõel tunneb end hästi kiililiik rohe-vesihobu.  Paksukojalise jõekarbi arvukust hinnati väga madalaks. Praegu on aastaringne kalapüük keelatud Vaidava jõe ühel lõigul ning Peetri jõel tervikuna.