Riigikontrolli poolt 2009. aasta kevadel alustatud ning 2011. aasta mais valminud auditi aruanne tunnistab metsavarumise protsessi keerukust (Eesti metsa eriilmelisuse ning puiduostjate soovide mitmekesisuse tõttu varutakse riigimetsast puitu jagatuna enam kui 100 kaubagrupiks) ning toob positiivselt välja 2008. aasta struktuurireformi mõju riigimetsast raiutud puidu koguste arvestuses.

Audit viitab ka mõningatele puudujääkidele ettevõtte kontrollisüsteemis, mistõttu võib esineda puidukadusid, kuid RMK teatel muudavad rakendatud uuendused puidu kaotsimineku võimalused nullilähedaseks.

Näitena võib tuua kalibreeritud ning pidevalt kontrollitavate langetustraktorite kasutamise, millega metsast varutava puidu kogust hinnatakse veaga mitte enam kui +/- 2% (varem +/-10%). Kuna ka puidu ostjad kasutavad puidu vastuvõtul valdavalt samasuguse lubatud veapiiriga täppismõõteseadmeid, on tagatud puidu koguste võrreldavus.

Erinevused (peaasjalikult ilmastikust ning mõõteseadmete kalibreerimisest tulenevad) aeg-ajalt siiski tekivad, kuid sellistel juhtudel selgitatakse RMK analüütikute ja/või kontrollmõõtjate poolt välja nende tekkimise põhjused. Sellisel viisil tegutsedes on avastatud näiteks ka süsteemseid vigu klientide mõõtesüsteemides ning mõõtmisvahedest tekkinud kahjud sisse nõutud.

Riigikontrolli kriitika puuduste kohta kaubadokumentide, so paberveoselehtede, täitmise täpsuses on RMK teatel kindlasti õigustatud. Viimased on tõepoolest ajale jalgu jäänud dokumendid. Juba 2009. aastal alustas RMK koostöös Eesti Metsa- ja Puidutööstuse Liiduga elektroonilise veoselehe (e-veoselehe) väljatöötamist. Tänaseks on vastav süsteem välja arendatud ning RMK sellega ka liitunud, mistõttu muutub varasem aeganõudev ning komplitseeritud puidu liikumise paberil tuvastamine kordades lihtsamaks ning kiiremaks. Lisaks on RMK alates 2008. aastast kasutanud puiduveo autode internetipõhist jälgimissüsteemi, mis on andnud võimaluse riigimetsast välja saadetud koormate kontrollimiseks mistahes ajahetkel.