Eesti paikneb piirkonnas, kus kliimamuutuste mõju on suhteliselt leebe,  mõjud Eestile ei ole nii drastilised kui näiteks Kesk- ja Lõuna-Euroopa riikidele. Siiski võivad need ka meil kaasa tuua ilmastikumuutusi, nagu näiteks temperatuuritõus,  sademetehulga suurenemine ja merepinna tõus, mis omakorda põhjustavad  põua- ja vihmaperioode, jääkatte vähenemist, torme, üleujutusi, tervisehädasid ja mitmeid teisi ebameeldivusi.

Eestis on viimase viie aastaga looduskaitse olukord pigem paranenud – enam kui pooled üleeuroopalise tähtsusega liigid ja elupaigad on praegu soodsas looduskaitselises seisundis.

Eesti keskkonna üheks probleemkohaks on rannikuvee seisund. Kui väikejärved on meil enamjaolt heas seisus, siis rannikuvesi on hinnatud „kesiseks“, sealjuures Haapsalu lahe seisund halvaks. Ehkki Haapsalu praegune reoveepuhasti valmis juba 1998. aastal, annab põhjasetetesse kogunenud reostus lahe madaluse ja halva veevahetuse tõttu siiani tunda. Ka looduslikud tingimused on lahes sellised, mis pigem ei aita looduslikule taastumisele kaasa, sest madala veetaseme ja vee vähesuse tõttu taimestiku kasv intensiivistub ning lahe kinnikasvamine jätkub. Keskkonnaministeeriumi veeosakonna  juhataja Rene Reisner kommenteeris, et Eesti rannikuvee seisundi parandamiseks peame järgnevatel aastatel oluliselt vähendama merre juhitava fosfori ja lämmastiku koormust, just need ained ja ühendid põhjustavad taiestiku kasvu ja halba rannikuvee seisundit. Saasteained on pärit peamiselt põllumajandusest ning reoveepuhastitest, oma osa annavad ka saasteainetega küllastunud veekogude setted. Eesti jaoks on kõige keerulisemaks ülesandeks pöörata praegu kasvutendentsis oleva merre suunduva lämmastiku koormus tagasi langusse, nii nagu see on enamikul Läänemereäärsetel riikidel.

Kesiseks on hinnatud ka Peipsi järve seisund. Pihkva järv on halvas seisundis ja see mõjutab ka Lämmijärve ja Peipsit. Lisaks on Peipsi setetesse kuhjunud ajalooline reostus toitainetega, mis järve endiselt toitainetega nn varustab.  Läänemere ja ka Eesti rannikuvee seisund sõltub suuresti sellest, kuidas Läänemereäärsed riigid seisundi parandamisse panustavad. Selleks, et meie merevesi oleks puhtam, peavad lisaks meile ühiselt pingutama ka põllumajandustootjad nii Venemaal kui ka Poolas ning reoveepuhastid nii Taanis kui ka Saksamaal.

Kokkuvõttes on 2012. aasta andmetel umbes 34% seiratud veekogumitest Eestis kesises või halvemas seisundis  Seega tuleb järgmise veemajanduskava (2016–2021) raames rakendada veekaitsemeetmeid. 

Teiste Euroopa riikidega võrreldes paistab Eesti välja oma suurte ressursikasutuse näitajate poolest, mis on   viimase 12 aasta jooksul meil ühe inimese kohta 104% tõusnud. Eesti ressursimahukuse tõusu üheks põhjuseks sel EL-ga liitumiseelsel ja -järgsel perioodil oli oluline ehitustegevuse, sh taristute väljaehitamise kasv, mis oli seotud ka kohaliku mineraaltoorme laialdase kasutamisega. Teiseks põhjuseks on energeetiliselt vaest tooret kasutav põlevkivitööstus, mis annab Eestile küll energiasõltumatuse, ent on märkimisväärse keskkonnamõjuga. Näiteks, 79% kogu jäätmetekkest Eestis moodustavad põlevkivitööstuse ja -energeetikaga seotud jäätmed, mille taaskasutusse suunamine teisese ressursina võiks olla järgmiste aastate üheks peamiseks ülesandeks. 

Eesti välisõhu suurim saasteallikas on põlevkivil põhinev energiatootmine ja põlevkiviõlitööstus, järgmise koha haarab transport. Ligi 95% vääveldioksiidi heitkogustest ning peamine panus kasvuhoonegaaside tekkesse tuleneb energiatootmisega ja põlevkivitöötlemisega seotud tööstusettevõtetest. Samas kinnitab aruanne, et välisõhku paisatavate saasteainete heitkogused on viimase 20 aastaga märgatavalt vähenenud.